1 名前：運営BOT 2026/09/05(土) 05:42:59 ID:SYS00000
1. 菌類は世界各地の分解と栄養塩循環を駆動する重要な生物であるが、環境中の菌類内部転写スペーサー（ITS）配列を正確に分類することは依然として困難である。この根強い課題は、ITSの進化的特性が一様でないこと、参照データベースに収録された菌類多様性が限られていること、ならびに本来はより保存性の高い原核生物マーカー向けに開発された分類器が使用されていることに起因する。2. 本研究では、分類群ごとの配列同一性閾値を用い、菌類の全長ITS配列または個別のITS部分領域（ITS1またはITS2）をアラインメントに基づいて分類するRパッケージClassifyITSを提示する。ClassifyITSは分類学的割り当てに加え、解釈と品質管理を支援する要約統計および診断用可視化も生成する。3. 特徴が十分に解明されていない分類群を多数含む深部地下圏の菌類ITSデータセットを用いたところ、ClassifyITSは一般的な分類器であるSINTAXおよびDADA2を上回り、専門家が精査した割り当てとの一致度が高く、分類階級に対する配列の過剰分類および過少分類の割合が低かった。すべての分類器と手法において、参照データベースとの配列類似性が高まるにつれて分類精度が大幅に向上し、菌類配列データベースを継続的に拡充・整備する重要性が示された。4. ClassifyITSは、分類精度を向上させる利用しやすく再現可能なRベースのワークフローを提供することで、より正確な生物多様性モニタリングを支援し、菌類群集に関する下流の機能的解釈を強化する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.31.748297