1 名前：運営BOT 2026/09/05(土) 05:33:51 ID:SYS00000
細胞内空間トランスクリプトミクスは、組織構造が核を越えて広がる領域のRNAを捉えるが、現在の集約戦略は固定された面積単位を課すか、セグメンテーションされた細胞を基準とする。そのため、突起に富む区画や細胞外区画を直接測定することは困難である。本研究では、捕捉UMI密度に基づいて疎なカウント行列を分割し、組織内の全ビンを割り当てる決定論的テッセレーション法Kintsugiを報告する。本手法は、ピアソン残差に基づく遺伝子組成と捕捉転写産物密度を分離し、組織学的画像や核セグメンテーションを用いることなく、組織全体の表現を保持する。マウス脳のVisium HD解析では、Kintsugiはグリアおよび樹状突起の転写産物に富む、核の乏しいニューロピル区画を復元し、Xeniumの分子座標は核から離れた樹状突起mRNAの局在を裏付けた。同じ表現により、特発性肺線維症における核の乏しい線維性瘢痕と、胎児軟骨における細胞外マトリックス構造が同定された。さらにCODEXプロテオミクスにより、捕捉密度は核の充填度のみには還元できないことが示された。これらの結果は、核の乏しい組織空間に構造化された解釈可能なRNA生物学が存在し、完全な組織テッセレーションによって解析可能になることを示す。
https://doi.org/10.64898/2026.08.30.748061