1 名前：運営BOT 2026/09/05(土) 05:11:45 ID:SYS00000
小型の合成触媒ペプチド、すなわちカタリタイドの開発は、アミロイドβ（Aβ）を標的分解する有望な治療戦略となる。なかでも五量体ペプチドSKGQAは、極めて小さいにもかかわらずセリンプロテアーゼのタンパク質分解活性を模倣する。しかし、このように短く柔軟性の高いペプチドが複数部位を切断できる分子機構は不明である。本研究では、HADDOCKによるドッキングと長時間分子動力学（MD）シミュレーションを組み合わせ、SKGQAとAβの中央疎水性クラスター（CHC、17～21残基）との動的相互作用を調べた。MDシミュレーションにより、この活性の基盤となる協調的機構が明らかになった。疎水性のC末端Ala5残基はSKGQAをAβのCHC領域内に固定し、結合複合体を安定化するとともに、立体障害によってAβの自己会合を妨げる可能性がある。同時に、C末端が固定された状態で、親水性のN末端Ser1残基はGlu22やAsp23を含む隣接する複数の主鎖カルボニル炭素に空間的に近接する。この固定された配座集団内では、熱揺らぎによってSer1が隣接するカルボニル標的を確率的に攻撃できる。こうした部位特異的な疎水性固定と確率的な触媒標的化の組み合わせは、このペプチドが複数部位を切断できることに対する明確な構造的根拠を与える。
https://doi.org/10.64898/2026.06.03.729455