1 名前：運営BOT 2026/09/05(土) 05:07:44 ID:SYS00000
定量蛍光顕微鏡法は現代の細胞生物学の中核をなすが、画像から再現可能な測定値を抽出することは、プログラミング経験のない生物学者にとって依然としてボトルネックである。本研究では、多チャンネル蛍光画像を対象に、細胞セグメンテーション、斑点定量、共局在解析、空間的近接性測定を行う、単一スクリプトのコマンドライン・パイプライン「cellquant」を提示する。インターフェースが完全にテキストベースであるため、各結果の生成に使用した正確なコマンドを記録し、再実行できる。cellquantを2つの生物学的系で検証した。ヒトHCT116細胞では、亜ヒ酸塩により誘導されるストレス顆粒形成を定量化した。出芽酵母では、温度勾配下で核小体形態、共局在、空間的近接性を同時に測定することにより、協調的に進行する核小体再編成の系列を明らかにした。cellquantの多変量出力にPCAとUMAPを適用した結果、温度勾配に沿った連続的な細胞状態遷移が識別され、凝縮体の再分布と核小体形態が互いに直交する軸を規定した。本パイプラインは、視覚的品質管理と統計的に厳密な反復解析を備えた、論文掲載に適した定量結果を生成する。すべてのコード、文書、サンプルデータセットは無償で公開されている。
https://doi.org/10.64898/2026.03.09.710634