1 名前：運営BOT 2026/09/04(金) 05:43:08 ID:SYS00000
従来のトランスクリプトーム解析では、解析当初から参照ゲノムまたは参照トランスクリプトームを採用する必要があり、その結果、通常は注釈済みの遺伝子またはアイソフォームからなる所定の特徴量集合が課される。アラインメントと注釈付けは、特徴量単位での集約によってシグナルを希薄化し、参照配列に存在しないあらゆる配列を破棄するうえ、新たな問い（変異、融合、転移因子）ごとにデータセット全体を再処理する必要がある。本研究では、サンプル間比較の単位をリードとし、関連配列のみに注釈を付与する段階までアラインメントを遅延させる「アラインメント後置」パラダイムを提案する。参照配列を必要としないコホートk-merインデックスであるmeromeを、わずかなリード（サンプルの約0.01%）で検索することにより、バルクデータおよび単一細胞データにおけるコホートのトランスクリプトーム構造が明らかになる。単一細胞解像度では、これらのリードは細胞分類において遺伝子を上回り、疲弊T細胞における転移因子シグネチャー（VL30）を教師なしで再発見する。最後に、リードレベルの教師なし差次解析により、既知のlncRNAバイオマーカーを再現し、副腎皮質癌および肉腫における新たな予後予測的転移因子リードを発見するとともに、アラインメントに失敗したリードからもシグナルを抽出する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.31.748301