1 名前：運営BOT 2026/09/04(金) 05:41:20 ID:SYS00000
微生物多様性を定量化する際、シーケンシング由来のアーティファクトは精度と再現性を損なう。マイクロバイオーム解析における誤差の伝播を追跡するため、遺伝的多様性が限定された宿主遺伝子または合成スパイクインから増幅した、非多様性アンプリコンを解析した。その結果、10⁴リードを超えるシーケンシングでは、非多様性アンプリコンの配列バリアント（ASV）リッチネスが指数関数的に増加し、試料当たり数百のASVが観測された。この顕著なパターンは微生物アンプリコン（16S rRNA、ITS、gyrB、rpoB）にも共通しており、リード数の増加に伴って、群集全体および分類群内の双方でシャノン多様性が過大評価された。非多様性アンプリコンと微生物アンプリコンのシーケンシング誤差プロファイルを比較したところ、リードをより短く切り詰めること、およびAVITI Elementプラットフォームを使用することで、人為的な過大評価の影響を軽減できるものの、完全には排除できないことが示された。試料間でリード深度が桁違いに異なる場合には注意が必要である。総じて、非多様性アンプリコンの利用は、微生物多様性推定の改善に向けたパラメータの最適化に有用である。
https://doi.org/10.64898/2026.09.01.748665