【背景】リネゾリドは、リファンピシン耐性結核（RR-TB）の治療で世界保健機関（WHO）が推奨する3つの中核薬の1つである。表現型および遺伝型の薬剤感受性試験（DST）の不一致は、臨床判断を複雑化しうる。DSTの不一致は通常、耐性機序に関する知識の不完全さによるシーケンシング検査の感度不良、耐性サブポピュレーションの検出失敗、表現型DSTに伴う技術的課題、そして表現型DSTにおける技術的不確実性領域の存在に起因するとされる。われわれは、リネゾリドのDST不一致も、結核菌（Mtb）と非結核性抗酸菌（NTM）の混入または混合感染によって生じうると仮説を立てる。リネゾリド耐性は、種を超えて高度に保存された機構であるリボソームDNAの変化によって引き起こされるためである。
【症例提示】南アフリカの48歳男性で、2006年および2024年に多剤耐性結核の2回のエピソードがある。2025年に別のRR-TBエピソードと診断された。ベースラインのMtb液体培養分離株に対する表現型DSTではリネゾリド耐性が報告されたが、Illuminaベースの全ゲノムシーケンシング（WGS）ではrrlまたはrplC遺伝子に変異をいずれも検出しなかった。ベースライン分離株のサブカルチャーに対してWGSを行うと、MtbとMycobacterium sinenseの両方の存在が検出された。最小発育阻止濃度（MIC）測定では、ベースラインのリネゾリド耐性が確認された。リネゾリドを含むMICチューブのWGSでは、リネゾリド耐性がMycobacterium sinenseの存在によるものであることが確認された。リネゾリドを含む表現型DSTチューブに対してDeeplex MycMTBアッセイを行ったところ、Mycobacterium kumamotonenseの存在が検出された。治療開始後2か月目に回収した培養では、リネゾリドに対する感受性が示される一方で、表現型DSTおよびWGSの双方でベダキリンに対する耐性の出現が認められた。
【結論】表現型ではリネゾリド耐性であるにもかかわらず遺伝型では感受性であるという、リネゾリドDST不一致に対して詳細な検討を行った結果、誤りやWGSの感度不良ではなく、ゆっくり増殖するM. sinenseの存在が、観察された不一致の原因として最も可能性が高いと特定された。培養分離株にNTMが含まれている可能性がある場合、表現型DST結果を「Mtbのリネゾリド耐性」と報告する前に、肉眼的観察およびZiehl-Neelsen染色による確認を行うべきである。特に、シーケンシングで耐性を付与する変異が検出されない場合には注意が必要である。
https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-10889516/v1