公開ゲノムリポジトリは抗菌薬耐性（AMR）サーベイランスを支援できるが、不均一なサンプリングは解釈を偏らせ得る。本研究では、NCBI Pathogen Detectionのスナップショット（2026年8月24日取得）を用い、アフリカ連合加盟55か国にわたってAMRの決定因子、多国間でのゲノムクラスタの重なり、サーベイランスの欠落を特徴づけた。記録はBioSampleにより検証され重複が除去され、完全なAMRFinderPlusの呼び出しを、国連のM49サブ地域5つおよび、重複する地域経済共同体（REC）8つにわたって要約した。国ペア間のクラスタ重なりはジャッカード指数で評価し、プロジェクトベースおよび組成標準化による感度分析でリポジトリのバイアスを検討した。データセットには51か国からの86,829のユニークなBioSampleが含まれた。南アフリカ、マラウィ、ケニアが55.8%を寄与した。完全な拡張スペクトルβ-ラクタマーゼ呼び出しは21,513株で検出され、カルバペネマーゼ呼び出しは4,642株で検出された。ESBLプロファイルではblaCTX-M-15が優勢であり、NDMおよびOXA型が優勢だった。70のクラスタで、少なくとも2か国に由来するカルバペネマーゼ陽性分離株が含まれていた。参加国すべてをカバーする共有RECは38のクラスタに含まれた一方で、32のクラスタはREC境界を越えていた。正規化した国ペア間の重なりは低く、最大ジャッカード指数は9.5%だった。プロジェクトのバランス調整により、北部アフリカのカルバペネマーゼ推定値は32.3%から17.9%へ、東部アフリカのESBL推定値は36.9%から12.5%へ低減した。公開リポジトリは決定因子や調査対象となるクラスタを同定するが、有病率や伝播は推定しない。AMRサーベイランスは、国レベルでの確認、国が同一RECを共有する場合の地域機関主導の調査、ならびにAfrica CDCを通じた大陸規模での協調によって、RECをまたぐシグナルを捉えることを組み合わせるべきである。これには、代表的なOne Healthのサンプリング、標準化されたメタデータ、アフリカ全体での持続的なシーケンシング能力が支えとなる。
https://doi.org/10.64898/2026.08.31.26361859