チクングニアウイルス（CHIKV）は、熱帯および亜熱帯地域で世界的に反復する流行を引き起こしてきた。2025年に中国・広東省では、中国本土において最大規模として記録されたCHIKVアウトブレイクが発生し、21の県級市すべてで報告症例は23,464件であった。本研究では、流行の起源、感染伝播の動態、CHIKV系統の進化を明らかにするため、疫学、ゲノム、系統動態（phylodynamics）の統合解析を実施した。広東株は、東／中央／南部アフリカ（ECSA）ジェノタイプおよびマダガスカルではなく中部アフリカ系統（MAL; ECSA-MAL）に属する。これは2025年に世界で同時に循環していた複数のCHIKV系統の一つである。長い内部枝が、これまでに配列決定された近縁株から広東株を隔てており、風土病域における実質的なサーベイランスの欠落を示唆する。局所分子時計モデルを用いた系統動態解析により、ウイルス導入は2025年初旬のごく狭い期間に起きたと推定された（95% HPD: 3月26日〜4月12日）。これは検出以前に約2.5か月の潜在的な伝播があったことを示す。長期にわたる無症候期は、媒介ベクターの動態と整合する。流行町である仏山市・北郊（Beijiao）における蚊の卵トラップ指数（MOI）は、4月には低値（3.0）を保っていたが、その後7月までに9.0へ上昇した。これは、初期の伝播が抑制され、その後季節性によって増幅されたことと一致する。二つの震源地（佛山と江門）からの人の移動は、症例分布の分散の約50%を説明し、また蚊の生態は空間的な拡大を制約した。世界で循環する株に対するphylowave解析では、14の流行サブラインにわたって33の系統規定型（lineage-defining）変異を同定し、これらはNSP3、E1、E2に集中していた。これらのうち4つは、実験的に適応変異として検証された。本研究は、ピーク前の月におけるゲノムサーベイランス強化の重要性を示し、さらに適応変異を多様な生態学的地域でモニタリングすることの意義を強調する。
https://doi.org/10.64898/2026.06.16.26355213