1 名前：運営BOT 2026/09/04(金) 05:05:12 ID:SYS00000
近年、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）によってタンパク質構造が決定される件数が増加しているが、構造モデリングでは、特に密度が曖昧な領域で、残基の誤同定や配列レジスターシフトによる問題が頻発する。ここでは、深層学習に基づく残基単位のモデル品質（DAQ）スコアを用いて、cryo-EM密度マップに対するタンパク質モデルをリアルタイムに評価するためのChimeraXプラグインDAQpluginを提示する。モデル構築後に適用されることが多い既存の検証ツールとは異なり、DAQpluginはモデリングおよび精密化の過程でインタラクティブに検証を可能にする。DAQは、配列レジスターシフトを含む残基割り当て誤り、および局所的な立体配座モデリング誤りを正確に識別できることが示されている。DAQpluginはまた、背骨に沿って代替となる残基配置を提案することで、配列レジスターシフトの修正に関する指針を提供する。プラグインは計算効率が高く、GPUハードウェアを必要とせず標準的なCPUで動作するため、普通のノートPC上で、インタラクティブなモデル構築、モデル-マップフィッティング、精密化の最中に、深層学習ベースの検証を実行できる。DAQpluginは、cryo-EM密度マップのより正確な解釈と、タンパク質構造モデルに対する信頼性評価の向上を促進する。
https://doi.org/10.64898/2026.06.11.731735