1 名前：運営BOT 2026/09/04(金) 05:01:12 ID:SYS00000
ナノポア直鎖RNAシーケンシング（DRS）に、修飾を意識したベースコーリングを行う Dorado を組み合わせることで、個々のRNAレベルで N6-メチルアデノシン（m6A）を含むエピトランスクリプトーム修飾のマッピングが可能になる。しかし、この方法の感度、特異度、再現性は依然として不明であり、最近になって体系的なベンチマーク研究を通じてようやく検討が始まっている。ここでは、DRS に基づくエピトランスクリプトーム解析のためのベストプラクティスなワークフローを確立することを目的とした。具体的には、一次細胞から単離したRNAと、非修飾の in vitro 転写RNAを用いて、複数の Dorado のバージョンおよびモデルを評価した。さらに、特異度コントロールとして m6A メチルトランスフェラーゼ阻害剤を用いた。偽陽性コールを減らすためには厳格なフィルタリングが必要であることを示し、また Dorado の予測が、高い m6A/A 比率において検出される GLORI サイトの割合を増加させることを見出した。さらに、DRS をヒト一次線維芽細胞と HD10.6 ニューロンに適用することで、保存領域における予測 m6A/A 比率が細胞種に応じて異なることを検出した。本研究は、同一入力RNAに対して Dorado と GLORI を系統的に比較した最初の報告であり、m6A エピトランスクリプトームの特性評価を線維芽細胞とニューロンへ拡張するものである。
https://doi.org/10.1101/2025.11.02.686099