質量分析に基づくプロテオミクスでは、処理されたタンパク質存在量データに対する下流解析が必要となり、データの検査、フィルタリング、統計的検定、機能エンリッチメント、タンパク質セット比較、ネットワーク解析、可視化を含む。MiraProtは、処理済みのタンパク質レベルプロテオミクスデータに対して、これらのステップを単一のインタラクティブなワークフローとして統合する、モジュール化されたメタデータ対応のR Shinyプラットフォームとして開発された。そのメタデータ対応の設計により、識別子、サンプル情報、実験条件、変換、派生データ列をデータ準備時に定義し、下流解析全体で一貫して再利用できる。
この利用例を示すために、健常なウマ由来およびウマ再発性ぶどう膜炎（ERU）を有するウマ由来の一次網膜Mueller細胞を対象とした、既報のラベルフリー・プロテオミクスデータセットを再解析した。ERUは、自己反応性T細胞によって引き起こされる反復性の眼内炎症を特徴とする、ウマに自然発生する自己免疫性眼疾患である。Mueller細胞は、網膜のイオン恒常性の維持や網膜ニューロンの代謝支援など、さまざまな機能を担う特殊化した網膜マクログリアである。調整済みp値が0.05以下の193タンパク質のうち187は、ERU由来と対照のMueller細胞の間で少なくとも2倍の存在量差も示した。機能エンリッチメントでは、核内RNA処理、クロマチン関連構造、DNAおよびRNA結合、インターフェロン応答、細胞周期関連プログラムが明確になった。遺伝子セットエンリッチメント解析では、Interferon Alpha Response、Interferon Gamma Response、ならびにMYC、E2F、G2Mに関連する遺伝子セットの正のエンリッチメントが同定された。共有タンパク質に基づくネットワーク解析により、このシグネチャはDNA複製、紡糸分裂チェックポイント制御、RNA処理へとさらに結び付けられた。加えて、ERU由来のMueller細胞では、MHCクラスIIに関連するタンパク質の存在量増加も認められた。これらの知見は、ERUにおいて、インターフェロン応答性、細胞周期関連、MHCクラスII関連のMueller細胞タンパク質シグネチャを同定し、さらなる機序研究のための実験的に検証可能な仮説を生成した。
MiraProtは、処理済みプロテオミクス・データセットの再現可能な下流探索と、実験的フォローアップに向けた候補タンパク質および経路の優先付けを可能にする、利用しやすいメタデータ対応の枠組みを提供する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747296