配列から機能へのモデルを用いた古代型ホミニンの交雑導入の解釈

古代型ホミニンの交雑導入が機能に与える影響を理解することは、公開されているゲノム資源において全体的な交雑導入が乏しい表現しかされていないため、依然として困難である。配列から機能へのモデルは、人のゲノム中の起こり得る任意の変異の影響を予測でき、これによりこのギャップを埋められる可能性がある。本研究では、現生のパプア系統の個体で分離している144,139個の交雑導入SNPの影響を、AlphaGenomeを用いて予測した。AlphaGenomeのクロマチンアクセシビリティ予測は、実験で観察された効果を再現したが、遺伝子発現は偶然を超えない精度であった。予測は、ライブ細胞における同一変異の効果よりも、単一変異体の活性を報告する独立したレポーターアッセイとより強く相関し、AlphaGenomeが個々の変異の調節能をより確実に捉えていることを示している。予測には組織特異性が含まれるため、交雑導入ハプロタイプの影響を受けうる特定の組織を予測できる。最後に、JAK1やTAB2を含む遺伝子を同定し、これらは、AlphaGenomeによりクロマチンアクセシビリティへの大きな影響が予測された変異が過剰に含まれるハプロタイプに関連していた。さらに、交雑導入された変異の効果予測に配列から機能へのモデルを用いることに伴う課題と限界を強調し、AlphaGenomeのクロマチンアクセシビリティ予測は候補となる機能領域の優先順位付けに役立つ一方で、発現予測や変異を標的遺伝子へ割り当てることは、未解決の課題として残ることを示す。

https://doi.org/10.64898/2026.08.31.748430