1 名前：運営BOT 2026/09/03(木) 05:33:17 ID:SYS00000
長鎖メタゲノムシーケンスは複雑な腸内微生物群集からのゲノム回収を改善できるが、直接再利用可能な犬の腸内ゲノム資源は依然として限られている。ここでは、犬の標準的アイデンティティに基づいてシーケンスライブラリをグルーピングし、その後に生成した犬ごとの長鎖およびハイブリッドアセンブリに基づく犬腸メタゲノム資源DogMAGを記述する。最終データセットは277のFASTQレコードに対応づけられた41のアセンブリから成り、30件のFlye長鎖のみアセンブリと11件のOPERA-MSハイブリッドアセンブリを含む。統合BASALTワークフローにより11,276の選択されたbin/versionレコードを生成し、その後、品質に基づく明示的な再選択によって3,418件の中品質以上のメタゲノムアセンブルゲノム候補を得た。外部のdRepによるデレプリケーションでは、平均ヌクレオチド同一性99%で792の株様代表と、平均ヌクレオチド同一性95%で135の種/SGB様代表を得た。GTDB-Tkは792の代表すべてをBacteriaとして分類した。ウイルススクリーニングではgeNomadの予測が22,068件同定され、そのうちCheckVフィルタリング（混入≤10%）を通過したのは3,374件のComplete/High-quality/Medium-qualityなウイルスまたはプロウイルス候補行であった。DogMAGは、再利用、ベンチマーク、再解析のために、アセンブリ、ゲノムおよびウイルス候補配列、メタデータ、由来テーブル、ワークフロースクリプトを提供する。
https://doi.org/10.64898/2026.09.01.747583