Background: 時間較正済み系統樹に対する再現可能な分類群の縮約と地質年代尺度の注釈は、しばしば複数のパッケージ間の連携と、ラベル解析、クレードの妥当性確認、描画、エクスポートに関するコードの反復が必要になる。ワークフロー管理された解析では、非対話的な設定、予測可能な診断、機械可読な終了ステータスも有益である。
Results: 我々は、分類群の縮約に必要な複数パッケージの連携を、合理化された単一関数インタフェースへと統合するRパッケージRcladeを提示する。Rcladeは (1) coord_munch() の補間を回避して、円形レイアウトにおける縮約済み三角形の直線エッジ描画を実現するためのカスタムggprotoオブジェクト（GeomPolygonStraight/GeomSegmentStraight）を提供し；(2) 4種類の分類学的ラベル形式（GTDB、Silva、NCBI、埋め込み）の自動検出と解析、ならびにユーザが与えるカスタム正規表現を提供し、入力検証の契約を明示し、実データと生成データのテスト集合に対する解析精度評価を行い；(3) YAML設定、ライブラリモードAPI、標準的なUnix終了コードによってワークフローへの埋め込みを可能にする。
合成データと実データに対するベンチマーク（合成チップ200〜10,000、参照系統樹として最大10,122チップの実系統樹；各スケールで5レプリケートを統一した完全描画の測定プロトコルの下で実施）により、完全パイプラインのオーバーヘッドは対話的利用では控えめであり（10,000チップにおけるセッション内の中央値約0.87 sのレンダリング、プロセス全体のウォールクロック約8.4 s）、示される。
Conclusions: Rcladeは、ggtree/deeptimeエコシステム上の便利層であり、定型的な作業を減らしつつ、円形レイアウト描画と形式の異種性管理に向けた的を絞った技術的改良を追加する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747462