次世代シーケンシング（NGS）による体細胞変異の検出は、分子腫瘍学の多様な領域および臨床において、最も好まれる方法となっている。利用範囲は、腫瘍全体のゲノムおよびトランスクリプトームのシーケンスから、標的型の臨床診断遺伝子パネルのシーケンスまで多岐にわたる。NYUラングーン ゲノム PACT（Profiling of Actionable Cancer Targets, LG-PACT）アッセイは、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）腫瘍組織に由来する標的次世代シーケンシング（NGS）を、患者から得た正常検体と照合し、606遺伝子およびTERTプロモーターを対象としたパネルの遺伝子変化を検出する定性的なin vitro診断検査である。検査の適応は、複数遺伝子に基づく変異プロファイルが疾患の層別化、予後、標的療法を含む治療選択肢、ならびに臨床試験の適格性に有益となり得るがん（固形腫瘍および血液悪性腫瘍）である。この検査は、診断および治療の意思決定に資する体細胞変異、すなわち点変異、小さな挿入欠失（indel）、およびコピー数異常に関する情報を提供することを目的とする。LG-PACTは、米国食品医薬品局（FDA）により承認（510K: K202304）された診断検査である。NGSにより得られた分子腫瘍マーカーのシーケンシングデータの臨床的解釈には、自動化されたバリアントコーリングツールに加え、人による解釈が含まれる。この最終段階の主として手作業によるデータレビューは負荷が高く、高度に訓練された科学者が携わり、文献レビュー、解釈、病理医による臨床ティア分類を含む。その後、治療腫瘍医に対して完全な分子診断レポートが提供される。われわれは、31種類のがんおよびそのサブタイプにわたる1339の臨床ゲノムプロファイルを解析した。内訳は、中枢神経系（CNS）792例（59%）（髄膜腫、神経膠腫、膠芽腫を含む）であり、肺、膵臓、ならびに大腸に主に由来する267例（20%）とその他280例（21%）である。本研究では、患者ケアにおける臨床グレードの精度と感度を担保するための、NGS腫瘍学的診断用の標的アッセイのバリデーションに関する技術的課題を示す。コピー数変化が腫瘍のゲノムプロファイルをより包括的に記述できることを示す。次に、現在の患者コホートに対して認定病理医が報告可能なバリアントを選択することに基づく、標的パネルシーケンシングの有用性を概説する。バリアント検出の解析により、既知の治療標的遺伝子に変異を含む臨床腫瘍サンプルは49.4%（661/1339）であった。その他の遺伝子で変異が検出されたものは35.6%（477/1339）であり、陰性例は15%（201/1339）であった。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.26361341