1 名前：運営BOT 2026/09/03(木) 05:01:39 ID:SYS00000
ヒトや他の刺胞動物のゲノムにおけるDNA複製開始点を同定することは困難であり、複製開始点をマッピングするさまざまな手法が相互に矛盾する結果を生み出してきたことがその一例として挙げられる。人気の手法である短鎖新生鎖シーケンシング（SNS-seq）は、サイズ選択とλ-エキソヌクレアーゼ（λ-exo）による親鎖DNAの消化を用いて、新しく複製された短鎖一本鎖DNAを濃縮する。しかし、開始点がゲノム規模でよく特徴づけられている出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）に対してSNS-seqが検証されたことはなかった。ここでは、生化学的な最適化によってSNS-seqプロトコルを改良し、出芽酵母の非同期集団における開始点マッピングの感度と精度を、従来のSNS-seqと比較してベンチマークした。出芽酵母は、確証済み開始点の明確な集合に対して直接比較できる、遺伝学的に扱いやすい系である。従来のSNS-seqと比べて、改良プロトコルは開始点由来DNAの濃縮を大幅に増加させた。注目すべきことに、従来のSNS-seqは既知の開始点を検出できず、その代わりに非開始点DNAを濃縮した。これは、おそらくRNA:DNAハイブリッドに起因する。これらの結果は、開始点マッピングにλ-exoを用いることで依存してきた先行データセットの解釈に重要な意味を持ち、改良プロトコルを多細胞動物系へ拡張するための概念実証のベンチマークも提供する。さらに、生化学的およびゲノム的解析により、SNS-seqとゲノム規模でDNA複製開始点をマッピングするために用いられる他の手法との間で生じている不一致の謎を解き明かすのに役立つ。
https://doi.org/10.64898/2025.12.22.696044