タンパク質キナーゼは力学的に結合した動的なノードとして機能するが、多量体活性化の駆動因子となる立体構造の詳細は未解明である。ここでは、AlphaFold3の構造アンサンブルを用いて、内部ネットワーク剛性、準安定状態の集団、サブオングストロームの立体構造駆動因子といったキナーゼ制御の定量指標へと変換する計算スイートAlloQuantを提示する。AlloQuantをCDK1に適用し、サイクリンB1（CCNB1）補因子の結合が、過剛性の不活性キナーゼコアを力学的にデカップルし、その後で活性化リン酸化（pT161）が触媒機構に局所的な張力を再び課すことを示す。逆に、C末端Srcキナーゼ（CSK）は異なる立体構造トラップに直面する。ヌクレオチド非存在下の単量体CSKは前活性幾何を自発的にサンプリングするが、ATP結合は225モデル中1モデルを除いて能動的なαC-Inコンフォメーションを排除する。ドッキング相手との相互作用がこのブロックを克服することを示す。活性化ループ上でのSRCの自己リン酸化（Y419）は、バルク剛性を変えずにSRCのコンフォメーション状態を再分配する。この再分配は、触媒機構ではなく、制御スパインを介してCSKの立体構造状態と構造的に結び付いている。すなわち、SRC結合はCSKを力学的に変形するのではなく、コンフォメーション選択によって作用し、約4分の1のCSK分子を完全に活性な状態へコミットする。したがって、トランスアロステリックなキナーゼ活性化は、受容体キナーゼがアクセス可能な立体構造ランドスケープを規定することによって機能する。その制御は、補因子依存的複合体における力学的リモデリングと、時間的なキナーゼ間ヘテロ二量体におけるコンフォメーション選択の双方を通じて行われる。これらの結果は、結合パートナーがキナーゼの立体構造ランドスケープをどのように再形成するかを定量化する一般的枠組みとしてAlloQuantを確立し、プロファイルHMM整列によってランドマークを割り当てることで、キノーム全体へ適用可能であることを示す。
https://doi.org/10.64898/2026.08.31.748385