1 名前：運営BOT 2026/09/02(水) 05:03:39 ID:SYS00000
従来のショートリード・シーケンシングでは、がん遺伝子内で共存する変異が同一アリル上（cis）に存在するのか、あるいは対向アリル上（trans）に存在するのかを判定できない。この区別は直接的な生物学的および治療上の帰結を伴う。trans 構成は二アリル性の腫瘍抑制因子不活化を確認し、治療選択に情報を与える。一方、cis 構成は増強した活性をもつ複合がん遺伝子アリルを生み出す。我々は PROBLEM コホートにおいて前立腺がん、乳がん、卵巣がんの 768 人を解析し、変異シグネチャを用いて、原因となる二アリル性イベントがショートリード・シーケンシングからは明らかでない潜在的なゲノム不安定性例を指名した。ロングリード・ナノポア・シーケンシングにより 46 例中 32 例（69.6%）の潜在例が解決され、その際、直接的なメチル化検出、長い挿入の解像、複雑な構造変異の特徴付けというロングリードの独自の利点を活用して、解決できた腫瘍抑制因子の全例で trans 二アリル不活化を確認した。MiOncoSeq サンプル 4,496 件の体系的解析では、17,519 のマルチヒット遺伝子ペアが同定され、その 78.7% が 500 bp のショートリード相分離限界を超えていた。ロングリード相分離はさらに、NOTCH1、PIK3CA、PDGFRB、KIT において機能的に相乗的な活性を示す反復的な複合 cis がん遺伝子アリルを明らかにした。ハプロタイプ相分離は、がん変異解釈で体系的に見落とされてきたギャップを解消し、精密腫瘍学ワークフローへのより広範な統合が必要であることを示す。
https://doi.org/10.64898/2026.05.05.26351600