温暖な温度に対する転写応答は臓器特異性によって混同される

気候変動は、食料安全保障に有害な影響をもたらす形で、世界平均気温の上昇を引き起こしている。これは部分的には、ほとんどの植物が、わずか1〜2℃の上昇でも敏感であるためである。植物が温和な温度上昇を認識し、順応する方法（いわゆるサーモモルフォジェネシス）に関する分子レベルの理解は、主として植物モデルであるシロイヌナズナの全幼苗を用いたトランスクリプトーム解析に基づいて構築されてきた。本研究では、この広く用いられているアプローチには、サーモモルフォジェネシスにおける遺伝子制御の理解を歪めてきた可能性のある重要な限界があることを示す。公表されている全幼苗のトランスクリプトームデータセット間で、予想外に低い一致度が見いだされた。変動の原因を調べるために、全幼苗と解剖した器官（根、下胚軸、子葉）から得たRNAシーケンスデータを制御条件下で比較し、その結果、温暖さに対して強い臓器特異的転写応答が生じることを明らかにした。全幼苗で同定されたDEGの約70%は、個々の器官のいずれでも差次的発現が認められず、全幼苗データが、しばしば相反する臓器レベルの応答を混ぜ合わせることによって混同されていることを示唆する。これらの知見は、各器官でのプロテオミクス解析によっても支持される。本研究は、温暖な温度に対する植物応答のためのRNAシーケンスデータを作成および解釈する際に、注意を促し、指針を与えるものである。

https://doi.org/10.1101/2025.08.05.668523