マイクロRNA（miRNA）は、発生、ストレス応答、二次細胞壁形成に関わる重要な転写後制御因子である。しかし、世界で最も広く植栽される広葉樹であるユーカリ・グランディスのmiRNA注釈は、互換性のない探索（ディスカバリー）パイプラインやフィルタリング基準を用いた複数研究にわたって分断された状態にある。ここでは、ユーカリ・マイクロRNAアーカイブ（EMA）として、栄養組織、体細胞胚形成、機械的に誘導された緊張木形成にまたがる3つの独立した小型RNAシーケンスデータセットを統合した、キュレーション済みで遺伝子座（ローカス）解決されたデータベースを提示する。植物の現在のmiRNA標準に整合する注釈基準を適用し、EMAは34のファミリー単位のグルーピングとして整理された99件のキュレーション済みmiRNA（31件が既報、68件が新規）を収載する。各エントリは3段階の信頼度システム、すなわち既知参照に基づく、複数研究で再現されている、単一研究で支持されている、により分類され、すべてのエントリについて研究由来とサンプルレベルの証拠が保持される。研究間の比較では、99件中9件（9.1%）のみが3つのデータセットすべてで独立に支持されており、二値的な注釈方式ではなく、証拠段階に基づく方式を支持することが示された。E. grandisのトランスクリプトームに対する標的予測により、764遺伝子座にまたがる1,773のmiRNA標的相互作用が得られ、miRNA標的とタンパク質間相互作用から成る複合ネットワークとして統合された。このネットワークは、機能的に整合する相互に独立したクラスターへと分解された。具体例として、翻訳抑制成分を実質的に含む、miR482に関連したNBS-LRR/TIRの疾患抵抗性ハブが同定され、加えてリボソーム生合成と翻訳、DNA複製、窒素および炭水化物代謝に富むモジュールが見出された。EMAは、インタラクティブなウェブダッシュボードを通じて公開されており、キュレーション済みデータ、ソースコード、解析スクリプトがすべてオープンに提供される。これにより、E. grandisのmiRNA研究のための再現可能で拡張可能な枠組みが提供され、モデルではない他の樹木植物における同様の構造化リソースのひな型としても機能する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.29.747619