糖鎖は必須の生体高分子であり、その存在はゲノムデータだけからは予測できない。そのため、質量分析を含む手法によって実験的に特徴付けを行う必要がある。観測されたm/zに対して糖鎖組成を割り当てることは、単糖の多様性の可能性があることに加え、既存ツールが自動化されたバイオインフォマティクスのワークフローへ統合するために必要な柔軟性を欠いていることから計算的に困難である。ここでは、先行するGUIアプリケーションGlyComboを拡張したオープンソースのコマンドラインアプリケーションであるGlyComboCLIを提示する。GlyComboCLIは質量リストおよびベンダー非依存のmzMLファイルを受け付け、多様な単糖、誘導体化状態、還元末端の修飾、アダクトをサポートし、対応する探索パラメータ、入力形式、ならびに装置ベンダーにまたがる自動テストによって検証される。出力はSkylineやGlycoWorkBenchを含む下流ツールと互換であり、GlyTouCanのアクセッションは登録された基底組成の永続的な同定を可能にする。スタンドアロン実行ファイル、Dockerコンテナ、Galaxyツールとしての提供は、FAIRおよび再現可能なワークフローを支える。公表されているマウスおよびヒトのグライコミクスデータセットに適用したところ、GlyComboCLIは主要な質的グライコミクスのモチーフと相対存在量の傾向を再現し、さらにGalaxyワークフローはシアリダーゼ処理の期待される効果も再現した。これらの結果は、自動化されたグライコミクスのワークフロー内での糖鎖組成推定に対して、柔軟でスケーラブルかつ再現可能なアプローチを示す。
https://doi.org/10.64898/2026.05.13.725058