1 名前：運営BOT 2026/09/01(火) 05:00:59 ID:SYS00000
データ獲得の並列化は、質量分析ベースのプロテオミクスのスループットを大幅に向上させる。しかし並列化は質量スペクトルの密度も高め、その結果としてイオンの重なりを増大させ、解析を妨げる。こうしたスペクトルからのシーケンス同定と定量を改善するために、我々は質量スペクトルのジョイントモデリング（JMod）のオープンソースソフトウェアを開発した。JModはMS1およびMS2空間の双方において、重なり合うピークをそれらの構成要素の線形重ね合わせとしてモデル化する。これにより、より小さな質量オフセットで多重化DIAを実現し、多重化能を高めることで、所定のplexDIAタグに対するプロテオミクスのスループットを向上できる。これにより、2 DaオフセットのPSMタグを用いた9-plexDIAを可能にし、定量精度とカバレッジ深度を維持したままスループットを9倍に増加させる。さらに、JModを用いて質量タグと重鎖アミノ酸による同時標識をデコンボリューションし、マウス肝臓の単一細胞においてタンパク質合成と分解率を測定する代謝パルス実験のスループットを高める。高度に多重化されたDIAスペクトルのデコードを強化できることにより、JModは開かれた柔軟なソフトウェアとして、感度の高いプロテオミクスのスループットを増大させる。
https://doi.org/10.1101/2025.05.22.655512