1 名前：運営BOT 2026/08/31(月) 05:02:17 ID:SYS00000
本質的に無秩序なタンパク質によって形成される生体分子凝縮体には、希薄溶液と凝縮相の両方でタンパク質を正確に記述できる分子モデルが必要である。明示的溶媒の粗視化モデルは、化学的解像度と計算効率のバランスとして魅力的である。しかし、希薄状態の性質を改善することだけで凝縮体を正確に記述できるかどうかは依然として不明である。本研究では、化学的なモデルの基盤となる移転可能性を保持したまま、結合相互作用に関する最近の進展と、洗練されたタンパク質-水相互作用および強化されたグリシンの自己相互作用を組み合わせる最小限のマルティニ3力場の改良を導入することで、この問いに答える。得られたモデルは、多様な無秩序タンパク質のベンチマークにわたって単一鎖のコンフォメーションを記述する性能を大きく改善する。次に、不均一核リボ核タンパク質A1のよく特徴づけられた低複雑性ドメインと、その配列バリアントの相分離を調べる。このモデルは、密相における鎖の拡張、配列に依存した分子間接触、タンパク質拡散とその単一鎖次元との関係、ならびに水和など、生体分子凝縮体のいくつかの主要な物理化学的特性を再現する。一方で、凝縮体密度、相平衡、イオン分配について定量的な限界も明らかにする。本結果は、希薄状態での振る舞いを改善すると凝縮相の性質、すなわち凝縮体密度を含む記述がより良くなることを示すが、希薄相と密相の平衡を定量的に再現するには十分ではない。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747511