1 名前：運営BOT 2026/08/31(月) 05:02:13 ID:SYS00000
空間トランスクリプトミクスの最近の進展により、単一細胞およびサブ細胞レベルの解像度をin situで保持したまま、より大量の遺伝子をプロファイリングできるようになってきた。しかし、これらのデータセットを解析するための標準化されたバイオインフォマティクスワークフローは遅れており、既存のパイプラインは主として画像処理と細胞セグメンテーションに焦点を当てている。このギャップに対処するために、本研究では10x Genomics Xeniumデータの下流解析向けのNextflowパイプラインであるnf_xpatialを提示する。このパイプラインは、品質管理、フィルタリング、対数変換および細胞面積の正規化、多サンプル統合、ならびに系統的なパラメータスイープに基づく、発現駆動型および空間情報に基づくクラスタリングを実行し、1回の再現可能な実行の中でクラスタリング解像度と空間モデリングパラメータを評価し比較できるようにする。全体としてnf_xpatialは、プラットフォーム出力から統合された単一細胞および空間クラスタリングデータセットへ、Xeniumデータ処理を簡素化し、バイオロジストがパラメータを微調整し、仮説駆動型の空間解析へ進むための標準化された出発点を提供する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.25.747147