1 名前：運営BOT 2026/08/31(月) 05:01:10 ID:SYS00000
動機：Interactive Tree of Life（iTOL）は系統樹を表示し注釈するために広く用いられているが、形式に敏感な注釈ファイルの管理は、再現可能な高スループット解析を妨げる。維持されているPythonパッケージとバージョンの評価の中で、テンプレート生成、系統群の単系統性評価、ならびにiTOLのバッチ操作を組み合わせたものはなかった。
結果：PyiTOLは入力を検証し、31種類のiTOLテンプレートスキーマを生成する（ライブのバッチアップローダで22が受理）。LCAに基づく単系統性の分類を行い、さらに入れ子状単系統性の検出、サンプリング完全性の状態、ならびに多系統のサブグループ分解を実施する。加えてAPIによるアップロードとセッションのリプレイを提供する。トポロジーで構築したベンチマークでは、4,389グループすべての呼び出しが事前に指定されたラベルと一致した。700ゲノムの系統樹では、二値の単系統／非単系統の判定がETE4と409属で一致した。17,294のGTDB R232属を約17秒で処理した。
利用可能性と実装：PyiTOL 1.0.3（Python ≥3.10；Linux、macOS、Windows）はMITライセンスで公開されており、テストデータ付きでZenodoにアーカイブされている。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747471