背景：口腔ディスバイオーシスは口腔扁平上皮癌（OSCC）と関連しているが、ほとんどのメタゲノム研究は16SリボソームRNA（rRNA）遺伝子シーケンスに依存しており、種レベルの分類学的解像度が制限される。方法：探索的横断研究として、OSCC患者10名から歯科プラーク、唾液、腫瘍組織試料を採取し、健常対照10名から歯科プラークおよび唾液試料を採取した。DNAを抽出し、Illumina MiSeqプラットフォームを用いたショットガンメタゲノムシーケンスに供した。配列リードはfastpで品質フィルタリングし、Kraken2 v2.1.3で分類学的に分類した後、ヒト由来リードの除去と低存在量の分類群の除外を行い、Bracken v2.9で種レベルの存在量を再推定した。相対存在量は、Mann Whitney U検定で比較し、Benjamini Hochbergの偽発見率補正を適用した。微生物群集パターンの可視化には、探索的アプローチとしてBray-Curtis主座標解析を用いた。結果：ショットガンメタゲノムシーケンスにより、口腔微小環境における細菌群集プロファイルの相違が明らかになった。歯科プラークでは、分類学的多様性と相対存在量が最も高かった。対照プラークでは、Streptococcus koreensis、Capnocytophaga sp. oral taxon 878、Treponema sp. Marseille Q4132、Leptotrichia sp. oral taxon 498が富化していた。一方、OSCC患者のプラークでは、Pyramidobacter piscolens、Parvimonas parva、Gemella sanguinisの相対存在量が高かった。唾液試料では多様性が低く、構成がより均質であり、主としてCapnocytophaga endodontalis、Prevotella jejuni、Aggregatibacter aphrophilus、Gemella sanguinisで構成されていた。腫瘍組織では、Sellimonas catena、Escherichia coli、Solobacterium moorei、Lacrimispora sp. HJ 01の存在量が相対的に高かった。結論：本探索的研究は、OSCCにおける複数の口腔微小環境にまたがる口腔マイクロバイオームを種レベルで特徴づけ、統合メタゲノミクスおよび機能解析のための今後の仮説を提示する。これらは、口腔細菌群集がOSCCの病態形成に寄与し得る可能性を検討するものである。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747557