1 名前：運営BOT 2026/08/30(日) 05:21:56 ID:SYS00000
未知のncRNAの「ダークマター」を単一細胞でプロファイルするために、我々はdropTotalを開発した。dropTotalは、高スループットのドロップレットベース全RNA-seq法であり、温度ランプを用いたハイブリダイゼーションと、dU修飾GATプライマー、さらにドロップレットマージ・バーコーディングを利用して、記録感度（1細胞あたり13,500遺伝子超）でコーディング転写産物と非コード転写産物を共検出する。新鮮、凍結、固定、FFPE組織に対応し、13,500遺伝子/細胞超を含み、lncRNA 2,000超およびsncRNA 500超を含む。約75,000のヒト膠芽腫核に適用したところ、60,313遺伝子（lncRNA 18,681、mRNA 19,859、sncRNA 6,753）を捉え、ncRNAに駆動される制御景観の構築を可能にした。乏突起膠腫ではモジュール解析により、再発に関連するncRNA中心のモジュールが、治療抵抗性および浸潤と結び付くことを見出した。膠芽腫では、6つの細胞状態が、MIR222HGによる免疫調節からSCIRTによる低酸素適応まで、多様な機能を持つ数百の状態特異的な注釈未付与ncRNAを示した。代替スプライシング解析により、428の状態特異的ジャンクションマーカーを同定し、細胞状態に特異的な代替スプライシング制御を対応付けた。dropTotalは、基盤にあるncRNA生物学および細胞の同一性と疾患進行における単一細胞全転写体制御機構を解読するための幅広い応用を提供する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.25.747146