インドネシア産のイネ栽培品種は貴重な遺伝資源である一方、多くはゲノムレベルでの特徴付けが十分になされていない。ここでは、7つのインドネシア産栽培品種からPacBio HiFi配列データ95.40 Gbを生成し、テロメア・トゥ・テロメアのNipponbare参照AGIS1.0を用いて栽培品種特異的コンセンサスゲノムを構築した。シーケンス被覆は27.92xから41.58xの範囲であり、得られたコンセンサスゲノムは387.93–390.54 Mb、BUSCO完全性はおよそ98.3–98.5%であった。OrthoFinderは、予測タンパク質の99.1%を40,737個のオルソグループに割り当て、さらに7つの栽培品種すべてに表れる27,514個のコアオルソグループを含めた。これは、参照誘導の枠組みにおいて高い保存性をもつ予測遺伝子空間が存在することを示す。標的解析では、穀粒の色素沈着、窒素およびアミノ酸代謝、デンプン特性に関連する40遺伝子または遺伝子ファミリーのエントリに対応する栽培品種×遺伝子座の組合せ280通り中278通りが回収された。比較予測タンパク質解析により、さらなる検討候補としてANS1、SBE2b、SSIIa/ALK、Wx/GBSSI、OsAAP6/qPC1、SSIが優先された。AGIS1.0にアンカーしたプロモータ比較269件のうち159件が品質管理基準を通過した一方、110件は遺伝子モデル、境界、シンテニー、構造に関する懸念としてフラグが立てられた。注目すべき点として、フラグが立てられた比較は、整列に由来する配列変異の90%以上を占めており、プロモータの見かけの分岐を解釈する際には厳密な品質管理が重要であることが強調された。総合すると、これらの参照誘導型ゲノム資源は、インドネシア産イネ育種素材における配列変異を調べるための標準化された枠組みを提供し、機能検証および将来のゲノミクス支援による作物改良に向けた、検証可能なコーディング候補と調節候補を優先して提示する。
https://doi.org/10.64898/2026.08.26.747264