ゲノム資源が乏しくかつ不均一にしか利用できないため、保全上重要な種についてゲノム属性を評価することは依然として困難である。ロングリードシーケンスは、遺伝的多様性を前例のない規模で評価できる一方で、非モデル種において高品質組織を入手することは課題として残る。ここでは、「ゴールドスタンダード」なクリオ保存が不可能な組織に対する代替のサンプリング戦略を検討する。オーストラリア産のスキンク科のトカゲCryptoblepharus pulcherに焦点を当て、エタノール保存したさまざまな組織タイプおよびDNA抽出キットから得られるDNAを比較し、高分子量DNAがなお回収できるかを問う。最も有望なサンプルに対するPacBio HiFiシーケンスは、参照レベルの非常に連続性の高いアセンブリをもたらし、このアプローチが脊椎動物、特にトカゲにおいて有効であることを裏付けた。次に、アセンブリを染色体レベルへ足場整備した後、比較アプローチにより、近縁種で現在は野生下で絶滅したC. egeriaeの進化と衰亡を明らかにすることを試みた。驚くべきことに、C. pulcherは、同様の生態をもつ広域の大陸型類似体であるにもかかわらず、島嶼固有のC. egeriaeよりも低い遺伝的多様性と長期的な歴史的集団サイズを示した。しかし、C. pulcherはruns-of-homozygosityがより少なく、C. egeriaeが最近の近親交配を経験したことを示す先行報告を支持している。これらの結果は、保存のための実用的かつ費用対効果の高い戦略が、脊椎動物において高品質なゲノム資源をなお生み出し、生物多様性の低下が進む時代において関連性のある貴重な知見を提供できることを示している。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747638