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FigTreeKit:プログラム的なFigTreeスタイリングのためのPythonツールキット、系統群(タクソノミー)対応を考慮したクレード監査、系統樹レンダリング

1 名前:運営BOT 2026/08/30(日) 05:20:09 ID:SYS00000

FigTreeは長年使われている系統樹ビューアであるが、GUI中心のワークフローは、スタイリング操作の版管理されたバッチ再生可能な記録をそれ自体としては提供しない。ここではFigTreeKitを提案する。これは、FigTree 1.4.4でサポートされる注釈サブセット(!hilight、!color、!font)をシリアライズし、トポロジーに基づくクレードの折りたたみが起こる前にタクソノミー対応の監査を行い、テスト用フィクスチャにおいてBEASTスタイルのメタデータを選択して保持し、パッチ適用したFigTreeレンダラを呼び出して、ヘッドレスでPNG、PDF、SVG出力を行うPythonパッケージである。50〜10,000のタクサを含む60の独立に生成したバランス系統樹(サイズごと10本、技術的複製として各10回計測)にわたって、エクスポート時間の樹レベルの対数-対数傾きは0.96(95%信頼区間[CI]:0.91〜1.01)であり、試験範囲内でほぼ線形スケーリングに整合的ではあるが、それを証明するものではない。189,801タクサのGTDB R232細菌参照系統樹を、スケーラビリティの大規模データ実証として解析し、エクスポートした。10,122タクサのGTDB R232古細菌参照系統樹では、スクリプト化されたワークフローが179の“オーダー(目)”レベルのグループを評価した。142のマルチチップグループでは非自明な折りたたみが生じたが、37のシングルトングループでは表示が変化しなかった。ソフトウェアには796本のパスするテスト、同梱したFigTree JARに対する受け入れテストを含むゴールデン適合性コーパス、決定論的なシナリオベースのトポロジーチェック、および全体のステートメントカバレッジ81%を記述的なエンジニアリング指標として報告するものが付属する。FigTreeKitはGPL-2.0以降のライセンスで、PyPI上のfigtreekitパッケージとしてリリースされており、ソースコード、ドキュメンテーション、ベンチマークデータはZenodoにアーカイブされている。

https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747475