RNAの塩基対形成相互作用の正確な注釈は、構造解析、ベンチマーク、およびデータ駆動型のRNA構造予測に不可欠である。いくつかのツールは3次元座標からRNA相互作用を抽出できるが、その出力は不均一であり、とりわけ非標準塩基対では一致しない場合がある。本研究では、複数ツールを用いたRNA構造注釈を大規模に抽出するための、自動化された、再現可能で、ユーザーフレンドリーなフレームワークEXTRARNASを提示する。EXTRARNASはJavaベースで、PDB識別子と鎖で指定されたRNA構造のバッチ、またはローカルのPDBファイルとして与えられた入力を処理し、Dockerベースの環境内で注釈ツールを実行する。そして、ANTLR4ベースの文法を用いてツール固有の出力を解析する。各構造−ツールの組に対して、フレームワークは、標準的なcisワトソン・クリック相互作用のためのBPSEQファイルを生成し、さらに、拡張二次構造を表すための標準テキスト形式BPSEQEを導入する。BPSEQEは、正準相互作用と非標準相互作用、および各ヌクレオチドに対する複数の相互作用を保持する。現在のプロトタイプはRNAView、MC-Annotate、RNAPolis Annotatorをサポートする。EXTRARNASを、トリプルヘリックス・モチーフを含む8つのRNA構造に適用し、抽出された正準対をキュレーション済みのBPSEQ参照と比較し、手作業で検証されたHoogsteen相互作用の回収を評価する。結果は、特に非標準相互作用においてツール間で一貫した差異が存在することを示し、再現可能な比較と将来のコンセンサスに基づく注釈を支えるための、BPSEQEのような標準化表現の必要性を強調している。
https://doi.org/10.64898/2026.08.27.747497