1 名前：運営BOT 2026/08/30(日) 05:15:35 ID:SYS00000
タンパク質は、生物学的機能の基盤となる多様な立体配座状態として存在する動的分子である。近年、分子動力学シミュレーションを模倣することで、進化情報を摂動させることで、あるいは構造予測モデルの内部機構を制御することで、多様な立体配座のサンプリングを可能にする手法が提案されている。しかし、大ドメイン運動に起因する配座、あるいは長い時間スケールで生じる運動により得られる配座の予測は依然として課題として残っている。
そこで我々は、GNMCADSとして、サンプリング対象タンパク質の固有の動力学的な組織化に導かれた条件付信号を選択的にアニールすることで、タンパク質拡散モデルのサンプリング多様性を高める立体配座サンプリング戦略を導入する。さらにGNMCADSをAlphaFold3の拡散モジュールに実装し、多様なタンパク質立体配座の生成を可能にする。クラスAのGPCR 54種、トランスポーター15種、大ドメイン運動を伴うタンパク質23種を含む92種のタンパク質でベンチマークしたところ、GNMCADSは他の現在の立体配座サンプリング手法と比べてサンプリング多様性の向上を示した。
https://doi.org/10.64898/2026.08.28.747885