バルクRNAシーケンシングおよび単一細胞RNA-seq（scRNA-seq）は、疾患メカニズムの解明や診断バイオマーカーの同定に不可欠な手段になっている。しかし、増大し続けるトランスクリプトームデータの量は、多くの研究者にとって効率よく再利用することを難しくしている。下流解析では、複数の統計・可視化・レポート作成ツールを要することが多く、その結果として分断されたワークフローが生じ、特にscRNA-seqデータ解析において透明性と再現性が低下する。そこでこのギャップを埋めるために、CoTRA（Comprehensive Toolbox for RNA-seq Analysis）を開発した。CoTRAは、バルクおよびscRNA解析のためのオープンソースR/Shinyパッケージである。CoTRAは、確立された手法をモジュール化されたワークフローへ統合し、パラメータを公開し、選択した段階で代替案も提供する。バルクRNA-seqの品質評価、差次的発現、アノテーション、エンリッチメント、レポーティングに加え、scRNAの品質管理、次元削減、クラスタリング、マーカー同定、細胞タイプのアノテーション、差次的な存在量、軌跡推定、経路活性、細胞間コミュニケーションをサポートする。CoTRAは、外部データ送信が必須ではない形でワークステーションやHPC環境上で動作し、Linux、Windows、macOSでテストされた。バルクRNA-seq/scRNA-seqの14の他プラットフォームと比較して、CoTRAは49の事前に定義された機能要件のうち46を満たした。公開されているrd10網膜バルクRNA-seqを用いたツール検証では、方向が一致し、log2フールド変化において強い一致を示す1,947個の共有差次的発現遺伝子が同定された。網膜のscRNA-seq事例では、適切なクラスタリング、細胞タイプ解像度に基づく解析、経路活性スコアリングが示された。CoTRAは、バルクおよび単一細胞RNA-seq解析のためのグラフィカル環境を提供しつつ、パラメータの透明性、方法論的な柔軟性、再現可能な出力を維持する。公開されているバルクRNA-seq解析との強い一致は、ワークフローの整合性を支持し、scRNAの事例は高度なscRNA-seq解析への適用可能性を示している。ソースコードは無償で利用可能である。
https://doi.org/10.64898/2026.08.25.747017