人類史上最も壊滅的な出来事の一つである黒死病（およそ1347–1353年）は、第2次ペスト・パンデミックの始まりを告げた。いったんは減退したものの、ペストはヨーロッパ全域で断続的な流行として再帰し、pestis secundaから始まった。にもかかわらず、Yersinia pestisのポスト・ブラックデス疫学は十分に理解されていない。ここでは、スカンディナビア、オランダ、アイスランド、アルメニアにまたがる第2次ペスト・パンデミックの文脈から回収された23の新規Y. pestisゲノムを報告する。約270年にわたるこれらのデータに対し、遺伝的多様性を評価するために再現可能な変異フィルタリング・パイプラインを適用することで、黒死病およびポスト・ブラックデスの両方の系統を明らかにし、個々の墓地サイトで複数のペスト波が存在したことを記録する。pestis secundaに属する4つのゲノムを同定し、そのうち3つはアルメニア由来であり、この系統がヨーロッパから消失する以前に東方向へ広がったことを裏づける。また、これまで十分に特徴づけられていなかったY. pestisのBranch 1Aサブ系統を解明し、アイスランドにおけるペストの存在について初めてのゲノム学的証拠を提示することで、同島での存在をめぐる長年の不確実性を解消する。さらに、再構築した祖先参照配列に対して変異を同定することにより、クレードを規定する変異を同定する。これには、代謝およびバイオフィルム関連遺伝子における非同義変化が含まれ、構造への予測される影響を伴う可能性があり、第2次ペスト・パンデミックの疫学的動態の形成に寄与した可能性がある。
https://doi.org/10.64898/2026.08.25.746822