遺伝学的に情報を得た保全は、介入が対象集団に利益をもたらすことを保証するために極めて重要である。サンゴでは、遺伝的多様性の維持と正確な種同定が、無性ではなく性による繁殖において重要となる。種同定や種内変異の計測に関するさまざまな手法が存在する一方で、ブリードストック選択と子孫の品質保証に関して迅速かつ十分に情報を得た判断を可能にする分子データを取得し解析することは依然として難しい。ここでは、超高度保存要素（UCE）の周辺に拡張したゲノム領域を標的とすることで、資源効率の高い種内の遺伝的プロファイリングに向けた新規アプローチを提示する。パルシモニー情報量に基づいて座位を並べ、UCEの上流・下流それぞれで窓サイズを最小5,000 bpとすることで、系統関係を種間で正確に解像し、種内変異を全ゲノムデータセットと同等の精度で評価できる500のUCE関連座位の部分集合を同定した。この手法は、オオキズサンゴ属の6種（Acropora hyacinthus、Acropora tersa、Acropora pectinata、Acropora sp. "VI-3"、Acropora kenti、Acropora cf. spathulata）の既存集団ゲノムデータを用いて検証した。UCE部分集合により得られた系統は、完全データに基づく系統と整合的であった。標的ゲノム領域サイズの中程度の個数と長さにより、解像度とシーケンスの負担のバランスが取れていることから、本研究は、Oxford Nanopore Technologiesのようなリアルタイム長鎖シーケンサを用いた迅速・大規模・低コストなワークフローを開発するための概念実証として位置付けられる。本方法論は、分類学的不確実性がしばしば生じる領域において、種を超えた遺伝学的評価を支えるために広く適用でき、実験的枠組みや保全判断に対する信頼性を高める可能性がある。
https://doi.org/10.64898/2026.08.25.743606